Bilførerens pårørende er varslet, opplyser Øst politidistrikt i en melding til pressen.
– Det pågår nå evakuering av passasjerene på toget, skriver de videre.
Politiet meldte først om ulykken klokken 14.42 onsdag. Det er ikke meldt om skadede togpassasjerer.
Østfoldbanen mellom Sarpsborg og Halden er fortsatt stengt etter ulykken, ifølge Bane Nors nettsider. Toget var på vei fra Göteborg til Oslo.
– Det har kjørt på en bil på det vi kaller en usikret planovergang, som da er en sånn overgang over togskinnene der det ikke er noen bom, sier pressevakt Kaja Rynningen Moen i Vy til NRK.